Corpo di Shedinja è basato su esoscheletro capannone di un insetto. Dunque, il suo corpo è completamente vuoto (non possiede nessun organi interni). Shell consiste di chitina ed è completamente incapace di movimento. è la shell capannone di un Ninjask pienamente sviluppato, ha una forma simile a quest'ultimo. Corpo intero di Shedinja è colore marrone; l'addome è di una tonalità più scura. Ci sono quattro sporgenze dove stavano crescendo gli arti di Ninjask. In realtà quello che sembra essere i suoi occhi sono fessure; forse precedentemente per il Ninjask shell ospitato a guardare attraverso. Shedinja ha un paio di che cosa sembrano essere brandelli "ali" sul dorso, che è in realtà dove l'esoscheletro è stato strappato da Ninjask a liberarsi del guscio. Tra le "ali" c'è un buco, da cui scappò il Ninjask. Ogni "ala" si divide in tre pezzi più piccoli. Queste "ali" in realtà non eseguono qualsiasi funzione, come corpo di Shedinja è immobile e levita. Due linee orizzontali cerchio suo addome. Un alone bianco costantemente galleggia sopra la sua testa.