Una malattia in cui il sistema immunitario, naturalmente progettato per proteggere il corpo da invasori stranieri come virus e batteri, invece si ritorce contro e provoca danni ai tessuti sani dell'organismo. Il sistema immunitario è una complessa organizzazione all'interno del corpo che è normalmente progettato per "seek and destroy" invasori del corpo, compresi gli agenti infettivi. Pazienti con autoimmune malattie hanno spesso insoliti anticorpi circolanti nel sangue che indirizzare i propri tessuti del corpo.

Malattie autoimmuni esempi di lupus eritematoso sistemico, la sindrome di Sjogren, tiroidite di Hashimoto, artrite reumatoide, diabete giovanile (tipo 1), polimiosite, sclerodermia, Addison malattia, vitiligine, anemia perniciosa, glomerulonefrite e fibrosi polmonare.

Le malattie autoimmuni sono più frequenti nelle donne rispetto agli uomini. Si è ritenuto che l'estrogeno di femmine possa influenzare il sistema immunitario a predisporre alcune donne a malattie autoimmuni. Inoltre, la presenza di uno autoimmune malattia aumenta la possibilità per lo sviluppo di un'altra malattia autoimmune simultanea.