Brachiopodi formano uno dei phyla molto pochi che è stati presenti sulla terra per oltre 550 milioni anni, fin dal primi tempi Cambriano, quando avvenne la prima apparizione di diffusa degli animali con scheletri mineralizzati. Erano il gruppo più abbondante di filtro-alimentazione per gran parte di quel tempo e dominare depositi fossiliferi in molte località.

Brachiopodi sono ancora presenti in tutti gli oceani, ma sono comuni e abbondanti solo in aree limitate, come il mare profondo, fiordi, mari polari, alcune parti della Nuova Zelanda e la costa occidentale del Nord America. Inoltre spesso si trovano in habitat criptico (aree che forniscono protezione da disturbi fisici e fessure, grotte sottomarine sono sporgenze rocciose profonde). Molti il mare poco profondo temperato e tropicale, località dove sono stati precedentemente dominante sono ora occupati da molluschi bivalvi. Se tale sostituzione è a causa della concorrenza o se bivalvi colonizzarono più correttamente lo spazio reso disponibile dopo il drastico calo dei brachiopodi, durante l'evento di estinzione di massa alla fine del periodo Permiano 150 milioni di anni fa, è fortemente dibattuto. In alcune aree, tuttavia, essi continuano a dominare siti locali, con densità superiore a volte a 1000 individui per metro quadrato.