La presenza di microrganismi negli alimenti è un evento naturale e inevitabile. Cottura generalmente distrugge la maggior parte dei batteri nocivi, ma gli alimenti poco cotti, alimenti pronti al consumo e alimenti trasformati minimamente possono contenere batteri nocivi che sono minacce gravi per la salute. Carne, latticini, e prodotti avicoli sono importanti serbatoi per molti dei patogeni tossinfezione alimentare, tra cui la Salmonella, Campylobacter, Listeria ed Escherichia coli O157. Sottoprodotti animali, mangimi, come integratori, possono trasmettere anche gli agenti patogeni per animali alimentare (ad esempio, Salmonella ed encefalopatia spongiforme bovina). Frutti di mare è un'altra fonte potenziale di patogeni di origine alimentare, come Vibrio, Listeria, e l'epatite a. infettiva dosi di molti di questi agenti patogeni è molto bassa (~ 10 cellule batteriche), aumentando la vulnerabilità degli anziani, bambini e persone con deficit immunologici o organo trapianti.