L'interazione che si verifica quando un atomo di idrogeno, legato covalentemente ad un atomo elettronegativo (come costituito), interagisce con un altro atomo per formare l'aggregazione costituito...Y. il legame più forte e più breve è indicato come costituito, mentre l'interazione debole e secondario è scritto come H....Y. così costituito è un donatore di protoni, mentre (Y) è un accettore di protone che spesso contiene elettroni coppia solitaria e può agire come una base. i più forti legami idrogeno si formano tra il più elettronegativo (A) atomi come ossigeno, azoto e fluoro che interagiscono con gli atomi (Y) avendo Elettronegatività maggiore di quello dell'idrogeno (C, N, O, S, Se, F, Cl, Br, I). Di idrogeno più deboli legami sono formate da protoni acidi dei gruppi C–H, come il cloroformio e acetilene e da aromatici ed olefinici con numero π-elettroni che agiscono come (Y).