1) Brevi tratti della sequenza di DNA che vengono utilizzati come punti di riferimento nella mappatura del genoma. Nella maggior parte dei casi, 200 e 500 paia di basi della sequenza di definire una sequenza Tagged sito (STS) che è funzionalmente unico nel genoma umano (cioè, può essere specificatamente rilevato da reazione a catena della polimerasi in presenza di tutte le altre sequenze genomiche). La schiacciante vantaggio di STSs su punti di riferimento mapping definiti in altri modi è che i mezzi di prova per la presenza di un particolare servizio STS possono essere completamente descritti come informazioni in un database.

2) Breve, singola copia, genomiche DNA sequenze spaziate a intervalli di circa 100 kb, utilizzati come punti di riferimento per identificare l'origine fisica (posizione cromosomica) di qualsiasi clone (gene) di interesse; pubblicizzato come il nuovo "lingua franca" della mappatura del genoma.