1) Campo che utilizza sequenze proteiche, espressione e struttura per determinare come proteine si riferiscono, interagire e funzionare in un organismo; include la caratterizzazione e la catalogazione di proteine e proteina librerie, confrontando le variazioni nei livelli di espressione di proteine in condizioni diverse, studiando le interazioni della proteina e ruoli funzionali; tecniche vengono eseguite in modo automatizzato, grande scala; può coinvolgere anche l'analisi bioinformatica e archiviazione dei dati.

2) Lo studio sistematico del complemento completo delle proteine (proteoma) degli organismi.

3) Un ramo delle biotecnologie interessati applicando le tecniche di biologia molecolare, biochimica e genetica per analizzare la struttura, funzione e interazioni delle proteine prodotte dai geni di una cella particolare, tessuto o organismo, con l'organizzazione le informazioni nel database e con applicazioni di dati (come in medicina o biologia).

4) Lo studio dei geni, loro proteine risultanti e il ruolo giocato da proteine processi biochimici del corpo.