Shaymin è una piccola, riccio-come creatura. Il suo corpo è bianco puro. Il suo ritorno è coperto di pelliccia verde e ha un fiore rosa con due foglie su ogni lato della testa, che ricorda il fiore di Gracidea, Gracidea-come i fiori diversi anche appaiono sul dorso, ogni volta che si sente a suo agio, ma quando avverte un pericolo imminente, nasconde rapidamente indietro. Le zampe sono corte e il suo ventre è grassoccio. Shaymin è il più piccolo Pokémon leggendario fino ad oggi. Secondo la Pokédex culmine della 0'08 ", è anche tra i Pokémon quasi più piccolo in esistenza, con i suoi compagni sta Diglett, Natu, Azurill, Budew, Burmy e Chingling, solo superata da Joltik.